Хоперский государственный природный заповедник расположен в восточной части Воронежской области в пределах трех административных районов: Новохоперского, Поворинского и Грибановского.
Географические координаты 50° 42' северной широты и 42° 00' восточной долготы.
Территория заповедника вытянута на 50 км вдоль реки Хопер с севера на юг, ширина заповедного массива колеблется от 1,5 до 9,0 км. Общая площадь заповедника составляет 16,2 тысяч гектаров.
Существующая инфраструктура заповедника включает:
- 10 кардонов;
- в п. Варварино имеются здание администрации, клуб, гаражный комплекс, деревообрабатывающий комплекс, котельная, виварий, недостроенный лабораторный комплекс;
- научный отдел, музей природы, визит-центр, библиотека, метеостанция, гербарий расположены в деревянном здании архитектуры ХIХ в.